Швядас Витаутас-Юозапас Каятоно
главный научный сотрудник

Избранные статьи

1. Nilov Dmitry K., Gushchina Irina V., Shcherbakova Tatyana A., Baldin Simon M., Švedas Vytas K. (2025) Inhibitors of transketolase from Mycobacterium tuberculosis targeted towards both the diphosphate binding site and an adjacent hydrophobic subsite. Biochemistry (Moscow), >>


2. Kopylov Kirill, Kirilin Evgeny, Voevodin Vladimir, Švedas Vytas (2025) Characterization of conformational flexibility in protein structures by applying artificial intelligence to molecular modeling. Journal of Structural Biology, >>


3. Нилов Д.К., Гущина И.В., Щербакова Т.А., Балдин С.М., Швядас В.К. (2025) Ингибиторы транскетолазы Mycobacterium tuberculosis, нацеленные на сайт связывания дифосфата и близлежащий гидрофобный участок. Биохимия, >>


4. Varfolomeev S.D., Švedas V., Efremenko E.N., Egorov A.M., Khrenova M.G., Tishkov V.I., Atroshenko D.L., Pometun A.A., Savin S.S., Ugarova N.N., Lomakina G.Yu, Gachok I.V., Lyagin I.V., Muronetz V.I., Sinitsyn A.P., Sinitsyna O.A., Rojhkova A.M., Makhaeva (2024) Biocatalysis: modern challenges and applications. Russian Chemical Reviews, >>


5. Варфоломеев С.Д., Швядас В.К., Ефременко Е.Н., Егоров А.М., Хренова М.Г., Тишков В.И., Атрошенко Д.Л., Пометун А.А., Савин С.С., Угарова Н.Н., Ломакина Г.Ю., Гачок И.В., Лягин И.В., Муронец В.И., Синицын А.П., Синицына О.А., Рожкова А.М., Махаева Г.Ф., Ба (2024) Биокатализ: современные проблемы и приложения. Успехи химии, >>


6. Pushkarev S.V., Kirilin E.M., Švedas V.K., Nilov D.K. (2024) Mechanism of PARP1 elongation reaction revealed by molecular modeling. Biochemistry (Moscow), >>


7. Shram S.I., Shcherbakova T.A., Abramova T.V., Smirnovskaya M.S., Balandina A.I., Kulikov A.V., Švedas V.K., Silnikov V.N., Myasoedov N.F., Nilov D.K. (2024) A new approach for studying poly(ADP-ribose) rolymerase inhibitors using permeabilized adherent cells. Biochemistry (Moscow), >>


8. Kirsanov K.I., Fetisov T.I., Antoshina E.E., Gor’kova T.G., Trukhanova L.S., Shram S.I., Nagaev I.Yu, Zolotarev Yu A., Abo Qoura L., Pokrovsky V.S., Yakubovskaya M.G., Švedas V.K., Nilov D.K. (2024) 7-Methylguanine inhibits colon cancer growth in vivo. Acta Naturae (англоязычная версия), >>


9. Кирсанов К.И., Фетисов Т.И., Антошина Е.Е., Горькова Т.Г., Труханова Л.С., Шрам С.И., Нагаев И.Ю., Золотарев Ю.А., Або Кура Л., Покровский В.С., Якубовская М.Г., Швядас В.К., Нилов Д.К. (2024) 7-Метилгуанин подавляет рост аденокарциномы толстой кишки in vivo. Acta Naturae (русскоязычная версия), >>


10. Шрам С.И., Щербакова Т.А., Абрамова Т.В., Смирновская М.С., Баландина А.И., Куликов А.В., Швядас В.К., Сильников В.Н., Мясоедов Н.Ф., Нилов Д.К. (2024) Новый подход для исследования ингибиторов поли(ADP-рибоза)-полимеразы, основанный на использовании пермеабилизованных адгезированных клеток. Биохимия, >>


11. Gushchina I.V., Nilov D.K., Shcherbakova T.A., Baldin S.M., Svedas V.K. (2023) Search for inhibitors of Mycobacterium tuberculosis transketolase in a series of sulfo-substituted compounds. Acta Naturae (англоязычная версия), >>


12. Гущина И.В., Нилов Д.К., Щербакова Т.А., Балдин С.М., Швядас В.К. (2023) Поиск ингибиторов транскетолазы из Mycobacterium tuberculosis в ряду сульфозамещенных соединений. Acta Naturae (русскоязычная версия), >>


13. Panin N.V., Guranda D.T., Shapovalova I.V., Švedas V.K. (2023) Penicillin Acylase: A Retrospective Study of the Kinetics and Thermodynamics of Practically Significant Reactions. Moscow University Chemistry Bulletin, >>


14. Панин Н.В., Гуранда Д.Ф., Шаповалова И.В., Швядас В.К. (2023) Пенициллинацилаза: ретроспектива изучения кинетики и термодинамики практически значимых реакций. Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, >>


15. Morozova I.A., Guranda D.T., Panin N.V., Švedas V.K. (2023) Specificity of Penicillin Acylases in Deprotection of N-Benzyloxycarbonyl Derivatives of Amino Acids. Acta Naturae (англоязычная версия), >>


16. Морозова И.А., Гуранда Д.Ф., Панин Н.В., Швядас В.К. (2023) Специфичность пенициллинацилаз в реакции снятия защитной группы в N-бензилоксикарбонильных производных аминокислот. Acta Naturae (русскоязычная версия), >>


17. Kopylov Kirill, Kirilin Evgeny, Svedas Vytas (2023) Conformational transitions induced by NADH binding promote reduction half-reaction in 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase catalytic cycle. Biochemical and Biophysical Research Communications, >>


18. Nikulin Maksim V., Drobot Viktor V., Shurubor Yevgeniya I., Švedas Vytas K., Krasnikov Boris F. (2023) Preparative Biocatalytic Synthesis of α-Ketomethylselenobutyrate—A Putative Agent for Cancer Therapy. Molecules, >>


19. Shram S.I., Shcherbakova T.A., Abramova T.V., Baradieva E.C., Efremova A.S., Smirnovskaya M.S., Silnikov V.N., Svedas V.K., Nilov D.K. (2023) Natural guanine derivatives exert PARP-inhibitory and cytoprotective effects in a model of cardiomyocyte damage under oxidative stress. Biochemistry (Moscow), >>


20. Шрам С.И., Щербакова Т.А., Абрамова Т.В., Барадиева Э.Ц., Ефремова А.С., Смирновская М.С., Сильников В.Н., Швядас В.К., Нилов Д.К. (2023) Природные производные гуанина оказывают PARP-ингибиторное и цитопротекторное действие на модели повреждения кардиомиоцитов при окислительном стрессе. Биохимия, >>


21. Baldin S.M., Shegolev V.O., Svedas V.K. (2022) Computational Alchemy Using Accelerated GPU Calculations: Fine Structural Tuning Inhibitors of L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis. Supercomputing Frontiers and Innovations, >>


22. Shcherbakova T.A., Baldin S.M., Shumkov M.S., Gushchina I.V., Nilov D.K., Švedas V.K. (2022) Isolation and biochemical characterization of recombinant transketolase from Mycobacterium tuberculosis. Acta Naturae (англоязычная версия), >>


23. Щербакова Т.А., Балдин С.М., Шумков М.С., Гущина И.В., Нилов Д.К., Швядас В.К. (2022) Выделение и биохимическая характеристика рекомбинантной транскетолазы Mycobacterium tuberculosis. Acta Naturae (русскоязычная версия), >>


24. Никулин М.В., Гуранда Д.Ф., Швядас В.К. (2022) Эффективный синтез N-ацилированных производных сложных эфиров аминокислот в водной среде при помощи пенициллинацилаз. Acta Naturae (русскоязычная версия),


25. Popinako A.V., Pometun A.A., Nilov D.K., Dibrova D.V., Khrustalev V.V., Khrustaleva T.A., Iurchenko T.S., Nikolaeva A.Yu, Švedas V.K., Boyko K.M., Tishkov V.I., Popov V.O. (2022) The role of Tyr102 residue in the functioning of bacterial NAD+-dependent formate dehydrogenase of Pseudomonas sp. 101. Biochemical and Biophysical Research Communications, >>


26. Kirilin Evgeny M., Bochkova Anna A., Panin Nikolay V., Pochinok Igor V., Švedas Vytas (2022) Molecular Modeling of Penicillin Acylase Binding with a Penicillin Nucleus by High Performance Computing: Can Enzyme or its Mutants Possess β-lactamase Activity?. Supercomputing Frontiers and Innovations, >>


27. Kirilin Evgeny M., Fetisov Timur I., Moiseeva Natalia I., Lesovaya Ekaterina A., Laletina Lidia A., Makhmudova Leyla F., Manikaylo Angelika E., Fomina Liliya Y., Burov Denis A., Bokhyan Beniamin Yu, Zinovieva Victoria Y., Vilkova Alice S., Mekheda Larisa (2022) Soft Tissue Sarcoma Study: Association of Genetic Alterationsin the Apoptosis Pathways with Chemoresistance to Doxorubicin. Cancers, >>


28. Nilov D.K., Schmidtke M., Makarov V.A., Švedas V.K. (2022) Search for ligands complementary to the 430-cavity of influenza virus neuraminidase by virtual screening. Supercomputing Frontiers and Innovations, >>


29. Kurgina T.A., Shram S.I., Kutuzov M.M., Abramova T.V., Shcherbakova T.A., Maltseva E.A., Poroikov V.V., Lavrik O.I., Švedas V.K., Nilov D.K. (2022) Inhibitory effects of 7-methylguanine and Its metabolite 8-hydroxy-7-methylguanine on human poly(ADP-ribose) polymerase 1. Biochemistry (Moscow), >>


30. Kirsanov K., Fetisov T., Antoshina E., Trukhanova L., Gor’kova T., Vlasova O., Khitrovo I., Lesovaya E., Kulbachevskaya N., Shcherbakova T., Belitsky G., Yakubovskaya M., Švedas V., Nilov D. (2022) Toxicological properties of 7-methylguanine, and preliminary data on its anticancer activity. Frontiers in pharmacology, >>


31. Кургина Т.А., Шрам С.И., Кутузов М.М., Абрамова Т.В., Щербакова Т.А., Мальцева Е.А., Поройков В.В., Лаврик О.И., Швядас В.К., Нилов Д.К. (2022) Ингибиторное действие 7-метилгуанина и его метаболита 8-гидрокси-7-метилгуанина на поли(ADP-рибозо)полимеразу 1 человека. Биохимия, >>


32. Пушкарев С.В., Винник В.A., Шаповалова И.В., Швядас В.К., Нилов Д.К. (2022) Моделирование структуры комплекса тРНК-гуанинтрансгликозилазы человека с 7-метилгуанином и выявление факторов, определяющих взаимодействие фермента с ингибиторами. Биохимия, >>


33. Pushkarev Sergey V., Vinnik Valeriia A., Shapovalova Irina V., Švedas Vytas K., Nilov Dmitry K. (2022) Modeling the Structure of Human tRNA-Guanine Transglycosylase in Complex with 7-Methylguanine and Revealing the Factors that Determine the Enzyme Interaction with Inhibitors. Biochemistry (Moscow), >>


34. Drobot V.V., Kirilin E.M., Kopylov K.E., Pochinok I.V., Švedas V.K. (2021) PLUMED plugin integration into high performance pmemd program for enhanced molecular dynamics simulations. Supercomputing Frontiers and Innovations, >>


35. Nikulin M., Drobot V., Svedas V., Krasnikov B.F. (2021) Preparative biocatalytic synthesis of α-ketoglutaramate. International Journal of Molecular Sciences, >>


36. Manasaryan G., Suplatov D., Pushkarev S., Drobot V., Kuimov A., Švedas V., Nilov D. (2021) Bioinformatic analysis of the nicotinamide binding site in poly(ADP-ribose) polymerase family proteins. Cancers, >>


37. Nikulin Maksim, Švedas Vytas (2021) Prospects of Using Biocatalysis for the Synthesis and Modification of Polymers. Molecules, >>


38. Evteev S., Nilov D., Polenova A., Švedas V. (2021) Bifunctional inhibitors of influenza virus neuraminidase: molecular design of a sulfonamide linker. International Journal of Molecular Sciences, >>


39. Kovaleva K., Yarovaya O., Ponomarev K., Cheresiz S., Azimirad A., Chernyshova I., Zakharenko A., Konev V., Khlebnikova T., Mozhaytsev E., Suslov E., Nilov D., Švedas V., Pokrovsky A., Lavrik O., Salakhutdinov N. (2021) Design, synthesis, and molecular docking study of new tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1) inhibitors combining resin acids and adamantane moieties. Pharmaceuticals, >>


40. Shegay Maksim, Svedas Vytas, Voevodin Vladimir, Suplatov Dmitry, Popova Nina (2021) Guide Tree Optimization with Genetic Algorithm to Improve Multiple Protein 3D-structure Alignment. Bioinformatics, >>


41. Suplatov Dmitry, Shegay Maxim, Sharapova Yana, Timokhin Ivan, Popova Nina, Voevodin Vladimir, Švedas Vytas (2021) Co-designing HPC-systems by computing capabilities and management flexibility to accommodate bioinformatic workflows at different complexity levels. Journal of Supercomputing, >>


42. Timonina Daria, Sharapova Yana, Švedas Vytas, Suplatov Dmitry (2021) Bioinformatic analysis of subfamily-specific regions in 3D-structures of homologs to study functional diversity and conformational plasticity in protein superfamilies. Computational and Structural Biotechnology Journal, >>


43. Suplatov Dmitry, Sharapova Yana, Švedas Vytas (2021) Mustguseal and Sister Web-Methods: A Practical Guide to Bioinformatic Analysis of Protein Superfamilies. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), >>