Сайт в стадии разработки [Старая версия сайта]
Самый цитируемый биологический институт РФ *

Отдел химии нуклеиновых кислот

Отдел организован в 1966 г.; его первым руководителем была лауреат Ленинской и Государственной премий профессор З.А.Шабарова (1966 – 1999 гг.). С 1999 года по настоящее время отдел возглавляет профессор Т.С.Орецкая.

Основные направления исследований

  1. Разработка стратегии и создание синтетической базы для получения новых типов модифицированных фрагментов ДНК и РНК, в том числе содержащих химически активные группы в любой заданной позиции углеводофосфатного остова. Использование сконструированных НК-реагентов, способных самопроизвольно реагировать со сближенными в специфическом белково-нуклеиновом комплексе нуклеофильными аминокислотами, для определения структурных основ специфичности и механизма действия регуляторных белков и ферментов, а также ингибирования (модуляции) генной экспрессии на различных ее этапах.
  2. Разработка методов фоторегулирования активности ДНК-связывающих белков (ферментов) путем изменения конфигурации производных азобензола, присоединенных к определенным аминокислотам белка, под действием света. Это позволит изменить локальную структуру белка или ограничить доступ субстрата к каталитическому центру фермента.
  3. Изучение влияния точечных повреждений ДНК (продуктов окисления и алкилирования гуанина, в том числе образующихся под действием широко распространенного канцерогена бензо[альфа]пирена, тимидингликоля, апуриновых сайтов и др.) на структуру двойной спирали, на связывание с функционально-важными белками и ферментами, на биологическое метилирование нуклеиновых кислот.
  4. Определение молекулярной структуры и механизма регулирования комплекса ключевых белков системы репарации неканонических пар оснований в ДНК, которая способствует поддержанию стабильности и целостности генома.
  5. Разработка универсальных подходов для анализа молекулярной "анатомии" и функционирования РНК-белковых комплексов различной степени сложности. В частности, изучение роли нового типа регуляторов – малых нетранслируемых РНК (6S РНК), способных контролировать процесс инициации транскрипции путем прямого связывания с бактериальной РНК-полимеразой без взаимодействия с промотором, разработка стратегии изучения супрамолекулярных белково-нуклеиновых комплексов с участием недавно открытого фермента – аналога РНКазы P (PRORP1 из Arabidopsis thaliana), вовлеченного в процессинг тРНК в митохондриях и хлоропластах наземных растений.
  6. Исследование механизма действия одного из основных ферментов вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1) – интегразы. В частности, анализ взаимодействия интегразы ВИЧ-1 с вирусной и клеточной ДНК, характеристика структурных особенностей вирусной ДНК, отвечающих за специфичность ее связывания с этим ферментом, изучение кинетики реакций, катализируемых интегразой. Разработка новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 на основе соединений различной природы и изучение механизма их действия. Создание системы направленной интеграции путем модификации интегразы вируса ВИЧ-1 и прототипного пенообразующего вируса для придания этим ферментам способности узнавать уникальную последовательность в геноме человек.

Основные научные результаты

(i) Осуществлен дизайн и синтез олигонуклеотидов с химически активными группами для получения производных фрагментов НК и аффинной модификации белков

Для получения фрагментов нуклеиновых кислот с заданными свойствами была разработана стратегия гибкого варьирования типа и позиции модификации в углеводо-фосфатном остове ДНК и получены олигонуклеотиды с химически активными группами, а также многофункциональные производные олигонуклеотидов. Предложена универсальная схема введения модифицированных звеньев в олигонуклеотиды сочетанием методов автоматического химического синтеза и постсинтетической модификации. В заданное положение ДНК-фрагмента были включены моно(ди)фосфорилдисульфидные мостики, 2'-иодацетамидные, 2'-дисульфидные, 2'-альдегидные группы в рибо- и арабиноконфигурации, способные специфически реагировать с остатками цистеина и лизина в белке. Получен ДНК-реагент для аффинной модификации остатков аргинина в белках на основе производного бета-дикетогруппы при С2'-атоме рибозы. Химическая активность модифицированых олигонуклеотидов продемонстрирована в реакциях с широким кругом белков и ферментов. Синтезирован набор производных олигонуклеотидов с различными гидразидами, гидразинами и карбазатами, в том числе соединения с репортерными группами (биотин), маркерами (акридин, пирен), сшивающими реагентами (дигидразид терефталевой кислоты), липофильными группами и пептидными молекулами (Zatsepin T.S. et al. Bioconjugate Chemistry, 13 (4) 822-830, 2002; Zatsepin T.S. et al. Tetrahedron Letters, 47 5515-5518, 2006; Zatsepin T.S. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 26 (6) 795-798, 2007; Dolinnaya N.G. et al. Current Organic Chemistry, 13 (11) 1029-1049, 2009; Khomyakova E.A. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30 (7) 577-584, 2011).

(ii) Охарактеризован потенциал новых ДНК-реагентов как инструментов исследования молекулярной структуры белково-нуклеиновых комплексов

Охарактеризован потенциал новых ДНК-реагентов как инструментов исследования молекулярной структуры белково-нуклеиновых комплексов на уровне предстационарного состояния и специфического супрамолекулярного ансамбля биополимеров. В качестве клеточных мишеней использованы фактор транскрипции NF-kB, ферменты рестрикции-модификации, ферменты репарации точечных повреждений ДНК, ферменты, обеспечивающие интеграцию чужеродного генетического материала в клеточный геном (интеграза ВИЧ-1). Показано, что аффинная модификация белков сконструированными реакционноспособными олигонуклеотидами позволяет изучать тонкие белково-нуклеиновые взаимодействия, включая выявление аминокислотных остатков, участвующих в стадии узнавания и катализа, и сравнима по информативности с такими методами, как сайт-специфический мутагенез белков и рентгеноструктурный анализ (Metelev V. et al. IUBMB Life, 58 (11) 654-658, 2006; Романенков A.С. и др. Биохимия, 71 (12) 1341-1349, 2006; Kosinski J. et al. Proteins, 68 (1) 324-336, 2007; Федотова E.A. и др. Биохимия, 74 (1) 85-91, 2009; Ryazanova A.Y. et al. Analyst, 136, (6) 1227-1233, 2011; Ryazanova A.Y. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30 (7) 632-650, 2011; Хомякова Е.А. и др. Биоорган. химия, 36 (3) 315-324, 2010).

(iii) Изучены структурно-функциональные особенности комплексов ДНК с бифункциональным ферментом С5-цитозиновой ДНК-метилтрансферазой SsoII

Изучены структурно-функциональные особенности комплексов ДНК с бифункциональным ферментом С5-цитозиновой ДНК-метилтрансферазой SsoII (M.SsoII), которая не только метилирует остаток цитозина в участке метилирования, но и связывается с регуляторным участком в промоторной области системы рестрикции-модификации SsoII, подавляя транскрипцию собственного гена и стимулируя транскрипцию гена эндонуклеазы рестрикции (Романенков A.С. и др. Биохимия, 71 (12) 1341-1349, 2006; Федотова E.A. и др. Биохимия, 74 (1) 85-91, 2009). Методом акустической детекции на пьезоэлектрическом сенсоре изучена кинетика взаимодействия M.SsoII с ДНК-дуплексами, содержащими участок метилирования или регуляторный участок, и с ДНК рэндомной последовательности. Показано, что наибольшее сродство M.SsoII наблюдается к ДНК-дуплексу, содержащему участок метилирования (Ryazanova A.Y. et al. Analyst, 136 (6) 1227-1233, 2011). С помощью бифункциональных химических реагентов установлено, что область фермента, ответственная за метилирование, связана с сайтом, фланкирующим регуляторный участок ДНК-дуплекса (Ryazanova A.Y. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30(7) 632-650, 2011).

(iv) Разработана стратегия внешнего регулирования активности белков для контроля над функционированием клеточных систем

С использованием методов «молекулярной пружины» и «молекулярных ворот» на примере специально сконструированных вариантов эндонуклеаз рестрикции PvuII и SsoII продемонстрирована возможность изменения активности ферментов, гидролизующих ДНК, при облучении светом различной длины волны с использованием в качестве фотопереключателя производные азобензола олигонуклеотидной и ненуклеотидной природы. Развитие предложенных методов и разработка новых подходов необходимы в инженерии генома для создания фотоконтролируемых мегануклеаз – сиквенс-специфических эндонуклеаз с протяженным участком узнавания, нацеленных на гидролиз определенных последовательностей ДНК в нужный момент времени с целью замены дефектных генов. (Schierling B. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 107 (4) 1361-1366, 2010; Хиен Л.Т. и др. Биоорган. химия, 35 (5) 549-555, 2009; Hien L.T. et al. Bioconjugate Chemistry, 22 (7) 1366-1373, 2011).

(v) Изучены физико-химические и биологические свойства ДНК, содержащих остатки тимидингликоля

Изучены физико-химические и биологические свойства ДНК, содержащей остатки тимидингликоля – одного из распространенных окислительных повреждений генома. С помощью ДНК-дуплексов, содержащих остатки тимидингликоля, показано влияние окислительного повреждения на термодинамические свойства двойной спирали, ее структуру и взаимодействие с ДНК-узнающими белками. Анализ взаимодействия ДНК-узнающих белков разных классов: фосфодиэстераз, эндонуклеаз рестрикции, ДНК-метилтрансфераз, фактора транскрипции NF-kB, ДНК-полимераз, белков системы репарации мисматчей в ДНК (MMR) с олигонуклеотидными дуплексами, содержащими в заданном положении участка узнавания остатки тимидингликоля, может быть полезен при моделировании различных клеточных процессов, протекающих в экстремальных условиях (Yang F. et al. Analyst, 134 41-51, 2009). Синтетические ДНК, содержащие остатки тимидингликоля, были использованы для изучения способности специализированных ДНК-полимераз «проходить» окисленные основания в процессе репликации (Belousova E.A. et al. Biochemistry, 49 (22) 4695-4704, 2010).

(vi) Выявлены особенности белково-нуклеинового узнавания в системе репарации мисматчей в ДНК

MutS и MutL – ключевые белки системы репарации неканонических пар нуклеотидов (мисматчей) в ДНК (MMR). Для изучения особенностей взаимодействия между MutS и MutL в составе комплекса с ДНК и исследования его структуры был использован подход ковалентной фиксации (кросслинкинга) в сочетании с резонансным переносом энергии флуоресценции (FRET). Предложена модель комплекса MutS-MutL-MutH-ДНК, которая объясняет последовательное осуществление репарирующей функции этими белками.

(vii) ДНК-метилтрансферазы: метилирование поврежденной ДНК, ингибирование, механизм действия

Изучено влияние широко распространенного загрязнителя окружающей среды и канцерогена - бензо[а]пирена, а также 8-оксогуанина и 6-метил гуанина на метилирование ДНК, осуществляемое ДНК-метилтрансферазами (МТазами) бактерий и млекопитающих (МТазой мыши Dnmt3a). Показано, что эти повреждения ДНК действуют, в первую очередь, на каталитическую стадию реакции и, в меньшей степени, на связывание ферментов с поврежденной ДНК. Эффективность метилирования зависит от структуры повреждения и его локализации в двойной спирали. Исследовано ингибирование МТаз, предложены новые ингибиторы этих ферментов и изучен механизм метилирования. Полученные данные будут использованы для выяснения взаимосвязи между повреждением ДНК, эпигенетическими изменениями и развитием различных заболеваний, а также внесут важный вклад в развитие противоопухолевой терапии через ингибирование МТаз.(Baskunov V.B. et al. Biochemistry, 44 (3) 1054-1066, 2005; Subach O.M. et al. Biochemistry, 45 6142-6159, 2006; Subach O.M. et al. FEBS J., 274 (8) 2121-2134, 2007; Кирсанова О.В. и др. Биохимия, 74 (11) 1445-1458, 2009; Maltseva D.V. et al., Biochemistry, 48 (6)1361-1368; Мальцева Д.В. и др. Биохимия, 75 (2) 214-223, 2010; Darii M.V. et al, Biochimica et Biophysica Acta, 1794 1654–1662 (2010); Cherepanova N.A.et al., J Enzyme Inhib Med Chem., 26 295-300, 2011; Lukashevich O.V. et al. Biochemistry, 50 (5) 875-881, 2011).

(viii) Разработан новый принцип выявления неканонических пар оснований в ДНК

В основе принципа лежит молекулярное узнавание комплементарных последовательностей в тандемной системе при образовании координационных связей между металлосвязывающими центрами, локализованными на концах олигонуклеотидного тандема. На модельной системе показано, что гибридизация олигонуклеотидов на ДНК-матрице возможна только при добавлении ионов никеля, а единичная нуклеотидная замена напротив места соединения коротких олигонуклеотидов препятствует образованию ДНК-дуплекса. Развитый подход был впервые адаптирован к технологии микрочипов (Hien L.T. et al. Medicinal Chemistry Letters, 19 (15) 4018-4021, 2009). Разработан метод прямой экспресс-детекции внеспиральных остатков тимина в дуплексах ДНК при обработке их раствором перманганата калия, который основан на специфическом узнавании химическим реагентом точечных нарушений в регулярной структуре двойной спирали. Показано, что с помощью этого подхода можно четко дискриминировать ДНК-дуплексы с одним и двумя апуриновыми сайтами, обнаружить тиминсодержащие мисматчи, а также все типы неканонических пар в АТ-окружении (Логвина Н.А. и др. Биохимия, 76 (2) 309-318, 2011; Yakubovskaya M.G. et al. Biochimie, 92 762-771, 2010).

(ix) Исследован механизм ретровирусной интеграции и разработаны подходы к созданию ингибиторов интегразы ВИЧ-1

На основании детального кинетического исследования ферментативных реакций впервые показано, что интеграза ВИЧ-1 является практически однооборотным ферментом. Изучена стехиометрия белково-нуклеинового связывания и с помощью набора модифицированных аналогов вирусной ДНК установлено, какие участки ДНК непосредственно взаимодействуют с определенными остатками лизина в белке. Предложена принципиально новая модель взаимодействия интегразы с вирусной ДНК, которая была использована для разработки новых ингибиторов интеграции на основе соединений различной природы, в том числе на основе коротких модифицированных олигонуклеотидов. Результаты проведенных исследований свидетельствуют о том, что олигонуклеотидные ингибиторы являются аллостерическими ингибиторами интегразы – они взаимодействуют с комплексом интегразы с вирусной ДНК и вызывают его быструю и эффективную диссоциацию. Показано, что некоторые олигонуклеотидные ингибиторы интегразы ВИЧ-1 способны подавлять обратную транскрипцию в инфицированных клетках. Было обнаружено также несколько классов органических соединений, обладающих антиинтегразной активностью. Для создания системы направленной интеграции ДНК в геном человека были использованы интегразы вирусов ВИЧ и прототипного пенообразующего вируса. Оба фермента были модифицированы путем добавления к ним нового синтетического белкового домена, состоящего из ряда структурных модулей "цинковый палец". Они способны специфически узнавать уникальную ДНК-последовательность в человеческом геноме. Было показано, что такие гибридные белки способны направлять интеграцию в район целевой последовательности (Smolov M. et al. FEBS J., 273 (6) 1137-1151, 2006; Agapkina J. et al. J. Biol. Chem., 281 (17) 11530-11540, 2006; Michel F. et al. EMBO J., 28 (7) 980-991, 2009; Grigorov B. et al. Nucleic Acids Research, 39 (13) 5586-5596, 2011; Korolev S. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30 (12) 651-666, 2011; Agapkina J. et al. ACS Med. Chem. Lett., 2, 532–537, 2011).

(x) Исследованы структура и функции РНК-полимеразы E.coli

Получен и всесторонне исследован в системах in vitro набор новых мутантных вариантов сигма-субъединицы РНК-полимеразы E.coli с точечными заменами и делециями в N-концевой области белка. В искусственной многопромоторной системе показана возможность направленной регуляции активности промоторов с использованием мутантных сигма-субъединиц. Продемонстрировано специфическое влияние ряда свободных аминокислот и коротких пептидов на различные стадии процесса транскрипции in vitro. Получен ряд новых мутантных вариантов флуоресцентных белков с новыми оптическими свойствами. Методом атомно-силовой микроскопии впервые обнаружена способность сигма-субъединицы РНК-полимеразы E.coli к формированию высокоупорядоченных агрегатов амилоидного типа. (Koroleva O.N. et al. J. Biosci., 36, (1) 43–54, 2011; Koroleva O.N. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30 (7-8) 667-79, 2011; Dubrovin E.V. et al. Nanomedicine: Nanotechn., Biology and Medicine, 8 (1) 54-62, 2012).

Участие в научно-исследовательских проектах и грантовая поддержка

Гранты РФФИ

  • Ковалентная региоселективная фиксация белок-белковых и белково-нуклеиновых комплексов, образующихся на стадиях узнавания и функционирования супрамолекулярных ассоциатов.
    Руководитель дхн, проф. Орецкая Т.С., 2012 -2014 гг.
  • Молекулярная "анатомия" белково-нуклеиновых комплексов, регулирующих транскрипцию в бактериальных клетках.
    Руководитель дхн, проф. Кубарева Е.А., 2010 -2012 гг.
  • Исследование взаимодействий интегразы и обратной транскриптазы ВИЧ-1.
    Руководитель дхн, проф. Готтих М.Б.., 2011-2013 гг.
  • Изучение структурных изменений интасомы ВИЧ-1 в процессе интеграции.
    Руководитель кхн Агапкина Ю.Ю., 2011-2013 гг.
  • Механизм метилирования и деметилирования ДНК метилтрансферазой мыши Dnmt3a.
    Руководитель дхн, проф. Громова Е.С., 2011-2013 гг.

Гранты РФФИ-ННИО

Совместный грант Российского фонда фундаментальных исследований и Немецкого научно-исследовательского общества "Международные исследовательские группы с участием молодых ученых". Партнеры со стороны Германии - Немецкое научно-исследовательское общество, Университет Юстаса Либиха, г. Гиссен, Университет Филиппа, г. Марбург.

  • Система репарации неканонических пар нуклеотидов. Молекулярная структура и функции белков MutS и MutL и их комплексов с ДНК.
    Руководитель дхн, проф. Орецкая Т.С., 2011-2013 гг.
  • Регулирование активности белков с помощью фотопереключаемых и термочувствительных реагентов.
    Руководитель дхн, проф. Кубарева Е.А., 2011-2013 гг.

Гранты РФФИ-НЦНИЛ

Международная ассоциированная лаборатория. Партнеры со стороны Франции - Национальный центр научных исследований, Высшая нормальная школа г. Кашана, Университет г. Монпелье.

  • Направленная интеграция пенного вируса человека с использованием химерных белков на основе интегразы и домена "цинковых пальцев".
    Руководитель дхн, проф. Готтих М.Б., 2009 -2011 гг.
  • Использование модифицированных олигонуклеотидов для изучения структуры и функций интегразы ВИЧ-1.
    Руководитель кхн Агапкина Ю.Ю., 2009 -2011 гг.
  • Направленная интеграция ДНК ВИЧ-1 и пенного вируса человека c использованием белков-партнеров вирусных интеграз.
    Руководитель кхн Смолов М.А., 2009 -2011 гг.
  • Модифицированные пептидо-олигонуклеотидные комплексы как потенциальные противоретровирусные агенты.
    Руководитель кхн Зацепин Т.С., 2009 -2011 гг.
  • Дизайн и характеристика ингибиторов интегразы ВИЧ-1 на базе соединений олигомерной природы.
    Руководитель кхн Ташлицкий В.Н., 2009 -2011 гг.

Другие программы

  • ФЦП "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса на 2007-2012 годы": Создание низкомолекулярных веществ ненуклеозидной природы, ингибирующих интегразу ВИЧ-1, для последующего формирования стратегии создания лекарственных препаратов на их основе.
    Руководитель дхн, проф. Готтих М.Б., 2011-2012 гг.
  • Грант Президента Российской Федерации для государственной поддержки ведущих научных школ: Конструирование противораковых, антибактериальных и противовирусных лекарственных препаратов и диагностикумов нового поколения на основе структурно-функционального анализа важнейших нуклеиново-белковых комплексов.
    Руководитель академик РАН Богданов А.А., 2010 -2011 гг.

Педагогическая деятельность

Сотрудники отдела химии нуклеиновых кислот (совместно с сотрудниками лаборатории химии нуклеиновых кислот кафедры химии природных соединений химического факультета МГУ) осуществляют руководство диссертационными и дипломными работами аспирантов и студентов химического факультета и факультета биоинженерии и биоинформатики.

Курсы лекций

  • Профессор Готтих М.Б. - “Химия нуклеиновых кислот”, 4 курс, химический факультет МГУ
  • Профессор Орецкая Т.С. – “Химия моно- и дисахаридов”, 3 курс, химический факультет МГУ
Все сотрудники отдела

Штатные сотрудники

На обучении

Избранные статьи Все статьи
  1. Agapkina J., Zatsepin T., Knyazhanskaya E., Mouscadet J.F., Gottikh M. (2011) Structure-Activity Relationship Studies of HIV-1 Integrase Oligonucleotide Inhibitors. ACS Medicinal Chemistry Letters, 2 (7): 532-537.

  2. Grigorov B., Bocquin A., Gabus C., Avilov S., Mely Y., Agopian A., Divita G., Gottikh M., Witvrouw M., Darlix J.L. (2011) Identification of a methylated oligoribonucleotide as a potent inhibitor of HIV-1 reverse transcription complex. Nucleic Acids Research, 39 (13): 5586-5596.

  3. Khomyakova E.A., Zubin E.M., Smirnov I.P., Pozmogova G.E., Stetsenko D.A., Oretskaya T.S. (2011) DNA Or RNA Oligonucleotide 2 '-Hydrazides for Chemoselective Click-Type Ligation with Carbonyl Compounds. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30 (7): 577-584.

  4. Hien L.T., Zatsepin T.S., Schierling B., Volkov E.M., Wende W., Pingoud A., Kubareva E.A., Oretskaya T.S. (2011) Restriction Endonuclease Ssoll with Photoregulated Activity-a "Molecular Gate" Approach. Bioconjugate Chemistry, 22 (7): 1366-1373.

  5. Ryazanova A.Y., Winkler I., Friedhoff P., Viryasov M.B., Oretskaya T.S., Kubareval E.A. (2011) Crosslinking of (Cytosine-5)-DNA Methyltransferase SsoII and Its Complexes with Specific Dna Duplexes Provides An Insight Into Their Structures. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30 (7): 632-650.

  6. Koroleva O.N., Busby S.J.W., Drutsa V.L. (2011) Effects of substitutions at position 180 in the Escherichia coli RNA polymerase sigma(70) subunit. Journal of Biosciences, 36 (1): 43-54.

  7. Lukashevich O.V., Baskunov V.B., Darii M.V., Kolbanovskiy A., Baykov A.A., Gromova E.S. (2011) Dnmt3a-CD Is Less Susceptible to Bulky Benzo[a]pyrene Diol Epoxide-Derived DNA Lesions Than Prokaryotic DNA Methyltransferases. Biochemistry, 50 (5): 875-881.

  8. Logvina N.A., Yakubovskaya M.G., Dolinnaya N.G. (2011) Rapid photometric detection of thymine residues partially flipped out of double helix as a method for direct scanning of point mutations and apurinic DNA sites. Biochemistry (Moscow), 76 (2): 245-252. >>

  9. Ryazanova A.Y., Kubareva E.A., Grman I., Lavrova N.V., Ryazanova E.M., Oretskaya T.S., Hianik T. (2011) The study of the interaction of (cytosine-5)-DNA methyltransferase SsoII with DNA by acoustic method. Analyst, 136 (6): 1227-1233.

  10. Yakubovskaya M.G., Belyakova A.A., Gasanova V.K., Belitsky G.A., Dolinnaya N.G. (2010) Comparative reactivity of mismatched and unpaired bases in relation to their type and surroundings. Chemical cleavage of DNA mismatches in mutation detection analysis. Biochimie, 92 (7): 762-771. >>

  11. Belousova E.A., Maga G., Fan Y., Kubareva E.A., Romanova E.A., Lebedeva N.A., Oretskaya T.S., Lavrik O.I. (2010) DNA Polymerases beta and lambda Bypass Thymine Glycol in Gapped DNA Structures. Biochemistry, 49 (22): 4695-4704.

  12. Schierling B., Noel A.J., Wende W., Hien L.T., Volkov E., Kubareva E., Oretskaya T., Kokkinidis M., Rompp A., Spengler B., Pingoud A. (2010) Controlling the enzymatic activity of a restriction enzyme by light. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 107 (4): 1361-1366.

  13. Hien L.T., Oretskaya T.S., Zatsepin T.S. (2009) Metal ion CHElate-aSSisted LIGAtion (CHESS LIGA) for SNP detection on microarrays. Medicinal Chemistry Letters, 19 (15): 4018-4021.

  14. Dolinnaya N.G., Zubin E.M., Kubareva E.A., Zatsepin T.S., Oretskaya T.S. (2009) Design and Synthesis of 2 '-Functionalised Oligonucleotides. Their Application for Covalent Trapping the Protein-DNA Complexes. Current Organic Chemistry, 13 (11): 1029-1049.

  15. Michel F., Crucifix C., Granger F., Eiler S., Mouscadet J.F., Korolev S., Agapkina J., Ziganshin R., Gottikh M., Nazabal A., Emiliani S., Benarous R., Moras D., Schultz P., Ruff M. (2009) Structural basis for HIV-1 DNA integration in the human genome, role of the LEDGF/P75 cofactor. EMBO Journal, 28 (7): 980-991.

  16. Subach O.M., Maltseva D.V., Shastry A., Kolbanovskiy A., Klimasauskas S., Geacintov N.E., Gromova E.S. (2007) The stereochemistry of benzo[a]pyrene-2'-deoxyguanosine adducts affects DNA methylation by SssI and HhaI DNA methyltransferases. FEBS J., 274 (8): 2121-2134. >>

  17. Kazanova E.V., Zubin E.M., Kachalova A.V., Volkov E.M., Oretskaya T.S., Stetsenko D.A., Gottikh M.B. (2007) A convenient solid-phase method for the synthesis of novel oligonucleotide-folate conjugates. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 26 (10): 1273-1276.

  18. Zatsepin T.S., Oretskaya T.S., Gait M.J., Stetsenko D.A. (2007) Preparation of 2 '-hydrazino oligonucleotides and their reaction with aldehydes and 1,3-diketones. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 26 (6): 795-798.

  19. Metelev V., Romanenkov A., Kubareva E., Zubin E., Polouchine N., Zatsepin T., Molochkov N., Oretskaya T. (2006) Structure-based cross-linking of NF-kappa B p50 homodimer and decoy bearing a novel 2 '-disulfide trapping site. IUBMB Life, 58 (11): 654-658.

  20. Zatsepin T.S., Gait M.J., Oretskaya T.S., Stetsenko D.A. (2006) Synthesis of 2′-hydrazine oligonucleotides and their efficient conjugation with aldehydes and 1,3-diketones. Tetrahedron Letters, 47 (31): 5515-5518. >>

  21. Agapkina J., Smolov M., Barbe S., Zubin E., Zatsepin T., Deprez E., le Bret M., Mouscadet J.F., Gottikh M. (2006) Probing of HIV-1 integrase/DNA interactions using novel analogs of viral DNA. Journal of Biological Chemistry, 281 (17): 11530-11540.

  22. Smolov M., Gottikh M., Tashlitskii V., Korolev S., Demidyuk I., Brochon J.C., Mouscadet J.F., Deprez E. (2006) Kinetic study of the HIV-1 DNA 3 '-end processing - Single-turnover property of integrase. FEBS Journal, 273 (6): 1137-1151.