Site is under construction [Old site version]
The most cited biological Institute in Russia *
PDF Print E-mail
it belongs to: Department of Mathematical methods in biology
master: PhD (Phys. and Math.), chief researcher, Andrei V. Alexeevsky

 

История. Со времени организации межфакультетской лаборатории математических методов в биологии Израиль Моисеевич Гельфанд пригласил в нее ряд сильных математиков, работавших в Москве.   Среди них были С.Г.Гиндикин, Д.Б.Фукс, И.Чередник и другие. Многие математики, работавшие с Израилем Моисеевичем (а круг мкатематиков - соавторов И.М.Гельфанда невереятно широк!), часто приходили к нему в "корпус А", в котором находится нынешний НИИ ФХБ имени А.Н.Белозерского.  Поэтому сейчас мне трудно вспомнить всех постоянно бывавших здесь математиков и, тем более, выделить из них штатных сотрудников межфакультетской лаборатории. 

В лабораторию были также приглашены специалисты в области, скажем так, обработки данных в прикладных задачах. Среди них Ш.А.Губерман (хотя, наверное, он никогда не числился в штате лаборатории), М.Л.Извекова, Б.Розенфельд (работал ли он в штате?), М.А.Шифрин (в штате не числился), И.Лукашевич, М.А.Алексеевская,  С.Ю.Лукашенко и это далеко не все. Задачами из этой области в сфере Израиля Моисеевича были медицинские, вернее, клинические задачи - задачи, встающие перед лечащим врачем в его повседневной практике и требующие систематизации результатов их решения врачем для получения обоснованных фактическими данными выводов. Далее, задачи прогнозирования землетрясений, нефтеносных пластов, схода лавин и ряд других.     

Немного другими задачами занимались Шапиро-Пятецкий и его группа: А.М.Леонтович, Н.Васильев, О.Ставская и другие.

Семен Григорьевич Гиндикин был организатором семинара по тем задачам, которые сейчас относятся к биоинформатике и вычислительной биологии. На рубеже 70-х и 80-х я ходил иногда на эти семинары. Среди участников были Е.Кунин,  К.Чумаков, А.Леонтович, Н.Васильев ( это те, кого помню).  

Перечисленные частично пересекающиеся кружки исследователей и составляли "математическую группу" в лаборатории, объединенную личностью Израиля Моисеевича. Со временем, надеюсь, удастся полнее восстановить славную историю нанешней математической группы.

Многие сотрудники группы разъехались по разным странам. 

В настоящее время группа представлена

- математика: Д.А.Поповым, С.М.Натанзоном и, в какой-то мере, А.В.Алексеевским

- биоинформатика: А.В.Алексеевским, А.М.Леонтовичем, С.А.Спириным, Е.А.Аксяновым, О.Н.Занегиной, А.С.Карягиной, А.С.Ершовой, коллегами из др. подразделений, аспирантами и студентами

-  медицинская информатика: С.Ю.Лукашенко, в какой-то мере А.В.Алексеевским и Л.К.Смирениной 

А.Алексеевский

PS. Представленный ниже список литературы составлен автоматической программой и требует существенной переделки, которая планируется. 

Приношу извинения за эту недоработку. А.Ал.

 

 

 

 

Last Updated on Monday, 04 June 2012 14:28
Recent papers
  1. Rusinov I., Ershova A., Karyagina A., Spirin S., Alexeevski A. (2015) Lifespan of restriction-modification systems critically affects avoidance of their recognition sites in host genomes. BMC Genomics, 16: . >>

  2. Popov Y.V., Galitsyna A.A., Alexeevski A.V., Karyagina A.S., Spirin S.A. (2015) StructAlign, a program for alignment of structures of DNA-protein complexes. Biochem.-Moscow, 80 (11): 1465-1468. >>

  3. Goryunov D.V., Nagaev B.E., Nikolaev M.Y., Alexeevski A.V., Troitsky A.V. (2015) Moss phylogeny reconstruction using nucleotide pangenome of complete Mitogenome sequences. Biochem.-Moscow, 80 (11): 1522-1527. >>

  4. Ershova A.S., Rusinov I.S., Spirin S.A., Karyagina A.S., Alexeevski A.V. (2015) Role of restriction-modification systems in prokaryotic evolution and ecology. Biochem.-Moscow, 80 (10): 1373-1386. >>

  5. Brett K., Kordyukova L.V., Serebryakova M.V., Mintaev R.R., Alexeevski A.V., Veit M. (2014) Site-specific S-Acylation of Influenza Virus Hemagglutinin THE LOCATION OF THE ACYLATION SITE RELATIVE TO THE MEMBRANE BORDER IS THE DECISIVE FACTOR FOR ATTACHMENT OF STEARATE. J. Biol. Chem., 289 (50): 34978-34989. >>

  6. Konarev P.V., Kachalova G.S., Ryazanova A.Y., Kubareva E.A., Karyagina A.S., Bartunik H.D., Svergun D.I. (2014) Flexibility of the Linker between the Domains of DNA Methyltransferase SsoII Revealed by Small-Angle X-Ray Scattering: Implications for Transcription Regulation in SsoII Restriction-Modification System. PLoS One, 9 (4): . >>

  7. Krivozubov M., Goebels F., Spirin S. (2014) Estimation of relative effectiveness of phylogenetic programs by machine learning. J. Bioinform. Comput. Biol., 12 (2): . >>

  8. Mintaev R.R., Alexeevski A.V., Kordyukova L.V. (2014) Co-evolution analysis to predict protein-protein interactions within influenza virus envelope. J. Bioinform. Comput. Biol., 12 (2): . >>

  9. Medvedeva S.A., Panchin A.Y., Alexeevski A.V., Spirin S.A., Panchin Y.V. (2013) Comparative Analysis of Context-Dependent Mutagenesis Using Human and Mouse Models. Biomed Res. Int., 2013: . >>

  10. Medvedeva S.A., Panchin A.Y., Alexeevski A.V., Spirin S.A., Panchin Y.V. (2013) Comparative Analysis of Context-Dependent Mutagenesis in Humans and Fruit Flies. Int. J. Genomics, 2013: . >>

  11. Kirsanov D.D., Zanegina O.N., Aksianov E.A., Spirin S.A., Karyagina A.S., Alexeevski A.V. (2013) NPIDB: nucleic acid-protein interaction database. Nucleic Acids Res., 41: 0-0. >>

  12. Ershova A.S., Karyagina A.S., Vasiliev M.O., Lyashchuk A.M., Lunin V.G., Spirin S.A., Alexeevski A.V. (2012) Solitary restriction endonucleases in prokaryotic genomes. Nucleic Acids Res., 40 (20): 10107-10115. >>

  13. Sekerina S.A., Grishin A.V., Ryazanova A.Y., Artyukh R.I., Rogulin E.A., Yunusova A.K., Oretskaya T.S., Zheleznaya L.A., Kubareva E.A. (2012) Oligomerization of site-specific nicking endonuclease BspD6I at high protein concentrations. Russ. J. Bioorg. Chem., 38 (4): 376-382. >>

  14. Kordyukova L.V., Serebryakova M.V., Polyansky A.A., Kropotkina E.A., Alexeevski A.V., Veit M., Efremov R.G., Filippova I.Y., Baratova L.A. (2011) Linker and/or transmembrane regions of influenza A/Group-1, A/Group-2, and type B virus hemagglutinins are packed differently within trimers. Biochimica et Biophysica Acta-Biomembranes, 1808 (7): 1843-1854.

  15. Panchin A.Y., Mitrofanov S.I., Alexeevski A.V., Spirin S.A., Panchin Y.V. (2011) New words in human mutagenesis. BMC Bioinformatics, 12: -.

  16. Loktev S.A., Natanzon S.M. (2011) Klein Topological Field Theories from Group Representations. Symmetry Integrability and Geometry-Methods and Applications, 7: -.

  17. Sharapova N.E., Kotnova A.P., Galushkina Z.M., Lavrova N.V., Poletaeva N.N., Tukhvatulin A.E., Semikhin A.S., Gromov A.V., Soboleva L.A., Ershova A.S., Zaitsev V.V., Sergienko O.V., Lunin V.G., Karyagina A.S. (2010) Production of the recombinant human bone morphogenetic protein-2 in Escherichia coli and testing of its biological activity in vitro and in vivo. Molecular Biology, 44 (6): 923-930.

  18. Velikodvorskaya G.A., Tikhonova T.V., Gurvits I.D., Karyagina A.S., Lavrova N.V., Sergienko O.V., Tashlitskii V.N., Lunina N.A., Lunin V.G. (2010) Chimeric Lactase Capable of Spontaneous and Strong Immobilization on Cellulose and Development of a Continuous-Flow System for Lactose Hydrolysis at High Temperatures. Applied and Environmental Microbiology, 76 (24): 8071-8075.

  19. Ryazanova A.Y., Molochkov N.V., Abrosimova L.A., Alexeevsky A.V., Karyagina A.S., Protsenko A.S., Friedhoff P., Oretskaya T.S., Kubareva E.A. (2010) Secondary structure of SsoII-like (Cytosine-5)-DNA methyltransferases N-terminal region determined by Circular dichroism spectroscopy. Molecular Biology, 44 (5): 807-816.

  20. Natanzon S.M. (2010) Cyclic foam topological field theories. Journal of Geometry and Physics, 60 (6): 874-883.

  21. Natanzon S.M. (2010) Simple Hurwitz numbers of a disk. Functional Analysis and Its Applications, 44 (1): 36-47.

  22. Saprunova V.B., Pilipenko D.I., Alexeevsky A.V., Fursova A.Z., Kolosova N.G., Bakeeva L.E. (2010) Lipofuscin granule dynamics during development of age-related macular degeneration. Biochemistry-Moscow, 75 (2): 130-138.

  23. Nurtdinov R.N., Vasiliev M.O., Ershova A.S., Lossev I.S., Karyagina A.S. (2010) PLANdbAffy: probe-level annotation database for Affymetrix expression microarrays. Nucleic Acids Research, 38: D726-D730.

  24. Karyagina A.S., Alexeevsky A.V., Spirin S.A., Zigangirova N.A., Gintsburg A.L. (2009) Effector proteins of chlamydiae. Molecular Biology, 43 (6): 897-916.

  25. Costa A.F., Natanzon S.M. (2009) Poincare's theorem for the modular group of real Riemann surfaces. Differential Geometry and Its Applications, 27 (5): 680-690.

  26. Grishin A.V., Alexeevsky A.V., Spirin S.A., Karyagina A.S. (2009) Conserved structural features of ETS domain-DNA complexes. Molecular Biology, 43 (4): 612-619.

  27. Fedotova E.A., Protsenko A.S., Zakharova M.V., Lavrova N.V., Alekseevsky A.V., Oretskaya T.S., Karyagina A.S., Solonin A.S., Kubareva E.A. (2009) SsoII-like DNA-methyltransferase Ecl18kI: Interaction between regulatory and methylating functions. Biochemistry-Moscow, 74 (1): 85-91.

  28. Spirin S., Titov M., Karyagina A., Alexeevski A. (2007) NPIDB: A database of Nucleic Acids-Protein Interactions. Bioinformatics, 23 (23): 3247-3248.

  29. Petrova N.V., Yakilitenko I.I., Alexeevski A.V., Verbovoy V.A., Razin S.V., Iarovaia O.V. (2007) Changes in chromosome positioning may contribute to the development of diseases related to X-chromosome aneuploidy. Journal of Cellular Physiology, 213 (1): 278-283.

  30. Dmitrieva T.M., Alexeevski A.V., Shatskaya G.S., Tolskaya E.A., Gmyl A.P., Khitrina E.V., Agol V.I. (2007) Significance of the C-terminal amino acid residue in mengovirus RNA-dependent RNA polymerase. Virology, 365 (1): 79-91.

More articles